iGEM 2007

Iz Bostona, ZDA, sem prejel zelo razveseljivo novico. Slovenska ekipa iGEM 2007 se je letos kljub še ostrejši konkurenci prebila v finale tekmovanja iz sintezne biologije. V felikem finalu so, zraven slovenske, tudi ekipe študentov iz Pariza, Berkley-a, Pekinga, UCSF in USTC.

O odhodu Slovenske ekipe v Boston je pisal že prof. Nekrep na MIKROBioLOG-u in brezplačni tednik Dobro Jutro. Upam, da bo uspeh naših študentov medijsko bolj podprt in da se lanska zgodba ne bo ponovila.

Si lahko nadejamo še ene zmage?

Nocoj gre zares in držite pesti!

Mumije v domači lekarni

Rokova novica o dinozavrovi juhi me je spomnila na morda še bolj bizarno in malo znano zgodovinsko dejstvo.
Za razliko od Kitajcev so v naših (po mnenju mnogih menda bolj naprednih krajih) v srednjem veku kot vsestransko zdravilo namesto kosti dinozavrov prodajali v prah zmlete Egipčanske mumije. To naj bi se dogajalo še dve stoletji nazaj.
Umetniki pa so dolga stoletja uporabljali rjavo barvo imenovano caput mortum, pripravljeno iz povojev, v katere so bile zavite mumije. Uporaba barve naj bi naglo upadla, ko so slikarji končno izvedeli, iz česa je narejena.

Dinozavrova juha

Prebivalci kitajske province Henan so v zadnjih dveh desetletjih izkopavali kosti dinozavrov misleč, da so to kosti zmajev in da imajo zdravilno moč. Kosti so skupaj z drugimi sestavinami kuhali in s to župco hranili otroke v primeru vrtoglavice ali pa krčev v nogah. Iz zmletih kosi so pripravljali tudi pasto in jo nanašali neposredno na zlome in druge poškodbe.

Do lanskega leta je bilo v omenjeni provinci mogoče kupiti kosti za pičlih 37 centov za kilogram. Ko pa so podeželski prebivalci province Henan izvedeli, da gre v bistvu za kosti dinozavrov, so darovali 200 kg kosti v znanstvene namene. Upam, da bo paleontologom juhica teknila.

Tuberkuloza napada

Tuberkuloza ni bolezen preteklosti.
Od pojava sevov bakterije, odpornih na antibiotike postaja okužba z Mycobacterium tuberculosis vse bolj zaskrbljujoča, zdravljenje pa dolgotrajno in težavno.
Okužba sicer ni zlahka prenosljiva, bolnik naj bi bakterijo v povprečju prenesel le na 10 do 15 ljudi na leto, ker pa je okužba lahko neopazna in se lahko vleče leta, večina držav pa nima zakonov, s katerimi bi lahko bolnike, ki odklonijo zdravljenje, izolirala v prisilno karanteno, število obolelih drastično narašča.
Prav te dni se Svetovna zdravstvena organizacija (WHO) in ameriški Center za nadzor bolezni (CDC) ukvarjata s primerom letalskega potnika na letu iz ZDA v Evropo, okuženega z na zdravila močno odpornim sevom povzročitelja tuberkuloze (XDR-TB).
Sicer pa poročilo WHO o številu obolelih za leto 2005 pravi tole:

	Incidencea				Prevalencea
	All forms		Smear-positiveb
WHO region	number (thousands)	per 100 000 pop	number (thousands)	per 100 000 pop	number (thousands)	per 100 000 pop
	(% of global total)
Africa	2 529 (29)	343	1 088	147	3 773	511
The Americas	352 (4)	39	157	18	448	50
Eastern Mediterranean	565 (6)	104	253	za leto 47	881	163
Europe	445 (5)	50	199	23	525	60
South-East Asia	2 993 (34)	181	1 339	81	4 809	290
Western Pacific	1 927 (22)	110	866	49	3 616	206
Global	8 811 (100)	136	3 902	60	14 052	217

Vojna za kite

Na srečanju Mednarodne komisije za kitolov (IWC) Japonska nadaljuje s svojo umazano igro. Že leta poskušajo ukiniti ali obiti moratorij na lovljenje največjih sesalcev, sprejet leta 1986. Njihovo stališče, da bi morala Komisija predvsem nadzirati in voditi kitolov, namesto da ga prepoveduje, dobiva vse več podpore. A kljub temu se vsaj letos menda še ni treba bati, da bi se približali 3/4 od 75 glasov, ki jih potrebujejo za ukinitev moratorija.
Od lanskega poskusa prevrata v Komisiji je namreč potekala mrzlična politična bitka za pridobivanje zaveznikov na obeh straneh in tabor, ki odločno nasprotuje kitolovu, je dobil nekaj novih članov. Pred le nekaj dnevi se jim je pridružila tudi Grčija.
Debata postaja vse ostrejša. Tabor za zaščito kitov Japonski očita, da pridobiva glasove s podkupovanjem držav članic Komisije in njihovih predstavnikov, Japonska Komisiji pripisuje spolitiziranost in irelevantnost in je februarja pripravila alternativno konferenco o kitolovu, ki pa so jo države nasprotnice bojkotirale.
Kljub temu Japonska pobije okrog 1000 kitov na leto pod sramotno pretvezo znanstvenih raziskav. Meso pobitih kitov seveda prodajo za hrano.
In medtem ko Japonci grozijo z izstopom iz Komisije, so avstralski laburisti spisali predlog, po katerem bodo (če letos zmagajo na volitvah) na Antarktiko poslali svoje vojno ladjevje, ki naj bi nadziralo in zbiralo dokaze proti japonski ribiški floti v območju izven avstralskih voda, ki ga je Avstralija razglasila za svoje (čeprav druge države tega niso nikoli priznale) in na katerem je tudi varno območje za kite.
Še dobro da v komisiji ni Slovenije. Zagotovo bi se naš zunanji minister na Japonske zahteve odzval s "konstruktivnim" razumevanjem, okoljski in kmetijski pa bi jih z vsem srcem podprla, če bi le v zameno s kakšno od manjših ladjic pripluli tudi v naše vode in pobili čim več medvedov.

Viagro na letalo!

Skupina z Universidad Nacional de Quilmes je ugotovila, da učinkovina sildenafil, bolj znana pod imenom Viagra, pri hrčkih ublaži premik dneva in noči. Živali v poskusu, ki so prejemale sildenafil so se potem, ko so jim poskušali zmesti nočno-dnevni ritem z zamikom prižiganja in ugašanja luči za šest ur, za 50% hitreje prilagodile na spremembo kot živali iz kontrolne skupine. Tudi v koncentracijah, ki so bile mnogo manjše od tistih, ki povzročajo efekte, s katerimi si je Viagra prislužila svoj sloves.
Raziskava, ki je bila objavljena v Proceedings of the National Academy of Sciences, kaže na uporabnost sildenafila kot zdravila za t.i. jetlag. Vendar le ob spremembi, kakršno doživite ob potovanju na vzhod. Potovanje v ZDA bo torej tudi v prihodnosti vzrok za glavobole, slabost in zmedo v glavi. Ne samo zaradi jetlag-a :)
Ker pa so raziskave še na začetku, novica seveda ne pomeni, da vam bodo stevardese odslej poleg simboličnih majcenih rogljičkov, piškotkov in vsega ostalega v povsem neuporabnih količinah postregle tudi z majcenimi modrimi tabletkami.

Upanje za plešaste.

Nedavno objavljeni članek v reviji Nature prinaša novo upanje za vse, ki se vsako jutro zbudimo z bolj intelektualnim čelom.
Lasni folikli se tvorijo na koži v prvih stadijih nosečnosti in vse doslej je veljalo, da kasneje ne morejo več nastajati. Zdaj pa so znanstveniki na Univerzi v Pennsylvaniji s poskusi na miših odkrili, da lahko celice, ki prej niso bile povezane s folikli, po poškodbi kože začnejo izražati gene, ki privedejo do nastanka novih foliklov. Izolirali so gen, ki naj bi bil za to odgovoren, ugotovili pa so tudi, da do regeneracije pride neodvisno od starosti miši.
Ker so našli tudi način, kako umetno vzpodbuditi delovanje omenjenega gena in ker se vse skupaj dogaja v Ameriki, so že ustanovili tudi družbo, ki naj bi prihodnje zdravilo proti plešavosti spravila na tržišče.
Da pa se ne bi kdo pritoževal nad nepotrebnostjo takšnih raziskav, je treba omeniti tudi, da naj bi odkritje vplivalo na raziskave celjenja ran.
In tudi to ni slaba ideja :)

Izračunajte svojo proizvodnjo CO2

Na spletni strani Umanotere, slovenske fundacije za trajnostni razvoj lahko izračunate svojo proizvodnjo ogljikovega dioksida in ugotovite, koliko prispevate k učinku tople grede.
Stran opozarja, da v izračun ni upoštevana vaša posredna proizvodnja, zato se nikar prezgodaj ne veselite, če boste krepko pod povprečjem prebivalca ZDA, ki je kriv za izpust 20-ih ton ogljikovega dioksida na leto.
Si lahko predstavljate kakšen volumen zavzema 20 ton plina? Raje ne.

Nagrada

Ste se kdaj vprašali, kako zaslužiti 10 mio dolarjev? Ponujam vam namig: potegujte se za nagrado Archon X Prize. Nagrado bodo podelili ekipi, ki bo izdelala napravo, ki ustreza sledečim pogojem:
- naprava je sposobna določit nukleotidno zaporedje genoma 100 ljudi v desetih dneh ali manj;

- dovoljena je ena napačno določena baza na 10000 baz;

- zaporedje natančno prekriva vsaj 98 % genoma;

- cena ne sme znašati več kot 10000 USD na genom.

Vse ostale informacije dobite TUKAJ. Na isti strani si lahko ogledate tudi promocijski filmček.

Vso srečo vsem, ki se boste potegovali za nagrado :-)

Manj luči!

V mislih nimam gibanj proti razsvetljenju, aktualne vlade ali česa podobnega. Temveč Pobudo za temno nebo.
Ste že kdaj opazili, da v večjih mestih ponoči komajda še vidimo zvezdno nebo? Vsakokrat ko se znajdem v kakšnem od civilizacije odmaknjenem kotičku, me pogled na neskončnost nad menoj kar preplavi.
Borimo se za čistejši zrak, neonesnažene reke, zdrave gozdove - se bomo tudi za zvezde nad nami? Člani Pobude pravijo, da ja.
Na svoji strani se opišejo takole:
Pobuda za temno nebo je civilna pobuda državljanov Slovenije, ki smo zaskrbljeni zaradi naraščajočega svetlobnega onesnaženja v Sloveniji. Namen pobude je opozoriti strokovno in širšo javnost na problem svetlobnega onesnaženja in njegov negativen vpliv na astronomska opazovanja in okolje nasploh ter doseči sprejem državne regulative, ki bi omejevala onesnaženje na razumno mero.
Po raziskavi, v katero so vključili 33 slovenskih občin, jih kar 30 za javno razsvetljavo porabi več energije kot je povprečna poraba v Nemčiji.
Tudi na teh zemljevidih je videti, kako v slabih stvareh z veliko hitrostjo drvimo v razviti svet.

Se bomo ustavili, preden bo prepozno? Za začetek bi lahko brez neposredne škode za kvaliteto življenja državljanov zatemnili osvetljene cerkvice in reklamne panoje (kar je pravzaprav ista stvar), industrijske zgradbe kot je shizofreno mavričasto osvetljeno Unionovo skladišče in spalna naselja.
Nato pa bi se kazalo lotiti naših malih županov, ki v predvolilnih programih obljubljajo ulično osvetlitev do vsakega hleva, kozolca in senika.

Za konec dve fotografiji nočnega neba s spletne strani Pobude. Ena je bila posneta na hrvaškem otoku Cresu, druga iz observatorija Črni Vrh. Sami lahko ugibate, katera.

Upanje za afriško Goro?

Potem, ko so mnogi napovedovali, da bodo slavni ledeniki Kilimandžara v dvajsetih letih dočakali žalosten konec, skupina z Univerze v Innsbrucku trdi, da bo vrh gore bel še mnogo dlje. V nasprotju z dosedanjimi predvidevanji naj bi bila za ledenike po njihovem pomembnejša količina padavin kot naraščajoče temperature.
Afriški simbol bo torej morda ohranil svojo podobo še nekaj časa. Za razliko od našega nacionalnega ponosa.

Sperma v kosteh

Raziskovalci z univerz v Göttingenu in Münstru ter Hannoverske zdravstvene šole so uspeli izolirati izvorne celice iz kostnega mozga odraslih. Po izolaciji so jih vzgajali v laboratoriju in ugotovili, da so se ob dodatku vitamina A nekatere spremenile v tip celic, iz katerih običajno nastajajo običajne spermalne celice.
Pri miših so s podobnim postopkom te celice celo vsadili v testise in opazovali, kako so se razvile v zrele spermije.
(Še vedno zelo oddaljeni) cilj poskusa je alternativno zdravljenje neplodnosti.

Glede na to, da že imamo druge metode za zdravljenje neplodnosti, bi bilo po mojem mnenju precej bolje, če bi poskušali vzgojiti kaj drugega. Denimo živčne celice. Ljudi je na planetu navsezadnje že več kot šest milijard in pol.
Možganov pa je mnogo manj.

Poleg tega bi pri nas postopek najbrž nemudoma prepovedali. In spet bi morali poslušati vse lekcije o tem, kako je misijonarski položaj edini naravni in moralni način za spočetje otroka. Pri čemer seveda po mnenju določenih ustanov ne sme nihče uživati, posebno ne ženska, ki mora biti samo rodovitna njiva, v katero mož poseje svoje seme.

Po drugi strani pa bi se iste ustanove najbrž razburjale tudi nad ljudmi z možgani.

Opazili progastega zajca.

Na indonezijskem otoku Sumatri so tretjič v zadnjih 35-ih letih opazili eno najredkejših vrst zajca na svetu, Nesolagus netscheri. Vrsta progastega zajca naj bi bila izjemno ogrožena. Na film (se pravi, najbrž na čip) ga je ujela fotografska past konec letošnjega januarja. Fotografirati so ga sicer uspeli že leta 2000, prej pa ga niso opazili vse od 1972.
Vrsta je sorodna leta 1999 odkritemu annamitskemu progastemu zajcu, od njega naj bi se ločila pred približno 8 milijoni let.
Živalca je vsekakor dovolj simpatična, da bi jo (podobno kot pande) lahko izkoristili za promocijo ohranjanja narave in biodiverzitete. Ljudje smo pač taki, da razen redkih izjem izumiranje ščurkov in podobne golazni nikogar posebno ne skrbi. Okoljevarstvena prizadevanja si morajo omisliti maskote, iz katerih je mogoče narediti plišaste igračke.

Nostalgija - kaj vse smo zamudili po letu 1991.

Za spremembo malo ekonomistične znanosti.
V objavi
James Lyon, "Yugoslavia's Hyperinflation, 1993-1994: A Social History," East European Politics and Societies vol. 10, no. 2 (Spring 1996), pp. 293-327.
najdemo kanček zgodovine, ki smo se mu leta 1991 odrekli. Med 1. oktobrom 1993 in 24. januarjem 1995 so se v Jugoslaviji cene povišale za 5 kvadrilijonov odstotkov. Menda gre za najhujši primer hiperinflacije v zgodovini.

Gobe in klimatske spremembe.

Ljubiteljski mikolog Edward Gange je v preteklih 50-ih letih ustvaril izjemno zbirko podatkov. Na svojih sprehodih po okolici Salisbury-ja v južni Angliji in s pomočjo prijateljev iz lokalnega društva je zabeležil 52 000 opažanj 315 različnih vrst gob. Zdaj je to dragoceno zbirko skupaj s sinom objavil v eni od dveh najbolj eminentnih znanstvenih revij - Science. Skupaj z nekaj presenetljivimi ugotovitvami:
V zadnjega pol stoletja se je občutno podaljšalo jesensko ploditveno obdobje. Nekatere gobe se pojavijo prej, druge kasneje kot v preteklosti.
Še bolj presenetljivo dejstvo je, da je po letu 1976 več kot tretjina opazovanih vrst začela poganjati plodišča (se pravi tisto, kar vidimo kot gobe) dvakrat na leto.
Vse skupaj naj bi bilo povezano z višjimi temperaturami ter večjimi količinami padavin. Pretekle raziskave so že opisovale spremenjeno vedenje vrst zaradi klimatskih sprememb v pomladnih mesecih. Ta je ena prvih, ki govorijo o spremembah tudi v jesenskem času.

Povrnitev vida

Mark Humayun, profesor oftalmologije in biomedicinskega inženiringa na Doheny Eye Institute, ki je del University of Southern California, razvija čip, ki posnema delovanje očesne mrežnice. Čip, sestavljen iz števila elektrod, je kirurško pritrjen na mrežnico in brezžično sprejema signal iz majne kamere, pritrjene na očalih, in pretvori slikovno informacijo v električni tok in tako stimulira preostale celice mrežnice. To omogoči ljudem, ki so zaradi določenih bolezni (npr. retinitis pigmentosa) utrpeli slepoto, ponovni vid. Več informacij lahko preberete TUKAJ .

Zgodba o Esmeraldini vrnitvi vida ima torej realno osnovo....

Organska pridelava hrane - odselj lažje ločevanje zrna od plevi

Ste se kdaj vprašali, ko ste zrli v lepo, skoraj plastično glavo solate, ki vam jo je branjevka na tržnici ponujala kot organsko pridelan izdelek, ali je ta solata dejansko organsko pridelana? Na tržišče so namreč prišli testi, s katerim boste dobili odgovor na svoje pomisleke.

Testi za ugotavljanje organske pridelave hrane temeljijo na izotopski sestavi dušika. Vsaka vrtnina in poljščina ima značilno izotopsko sestavo, če pa so bila tekom pridelave uporabljena sintetična gnojila, je razmerje izotopov različno od značilnega. Testi niso stoodstotni in na podlagi rezultatov se lahko poda le ocena ali je (ne)verjetno ali zelo (ne)verjetno, da so bila tekom pridelave prej omenjena gnojila uporabljena.

Tega testa pa ne moremo uporabljati pri vsej zelenjavi. Pri korenju na primer ni razlike v izotopski sestavi med organsko in ne-organsko pridelanim, saj korenje ne potrebuje toliko dušika zaradi česar pretirano dognojevanje niti ni potrebno.

Več o testu si lahko preberete v zadnji številki revije Journal of Agricultural and Food Chemistry v prispevku od dr. Alison Bateman in sodelavcev iz University of East Anglia

Sesalci in dinozavri.

Raziskava, objavljena v reviji Nature ugotavlja, da eksplozija in velik uspeh sesalcev nista neposredno povezana z izumrtjem dinozavrov, kot je veljalo doslej.
Predstavljeno je tudi zelo impresivno filogenetsko superdrevo sesalcev (v .pdf formatu).

Pospeški, kakršnih še ni bilo ...

V okviru mednarodne organizacije CERN v Švici gradijo največji pospeševalnik delcev na svetu. Z njim naj bi fiziki odgovorili na nekatera temeljna vprašanja o nastanku in zgradbi vesolja.
Ki pa jih bomo navadni smrtniki najbrž razumeli približno toliko kot krave na pašnikih okrog pospeševalnika.

Bakterije kot antidepresiv.

Raziskovalci Univeze v Bristolu in Univerzitetnega kolidža v Londonu so odkrili nekaj nenavadnega: Bakterije vrste Mycobacterium vaccae, ki jih najdemo v prsti, ugodno vplivajo na razpoloženje miši!
Bakterija naj bi aktivirala skupine živčih celic, ki so odgovorne za izločanje kemikalije seratonina, pomanjkanje le-te pa po uveljavljenem prepričanju povzroča depresijo.
Originalne novice žal nisem uspel najti in ne vem, ali je treba bakterijo pojesti (kar se ne sliši najbolj pametno) ali z njo početi kaj drugega.

Bakterijo M. vaccae so sicer v preteklosti že preizkušali kot sredstvo za imunoterapijo bolnikov s tuberkulozo, vendar pa raziskave niso vodile do večjih uspehov.