iGEM 2007

Slovenska ekipa je na tekmovanju International genetically ingeneered machine competition (iGEM), ki je potekalo te dni na MIT-u (Cambridge, MA, ZDA) osvojila zlato v kategoriji Health&Medicine in se s tem uvrstila med pet najboljših univerz na svetu.

Za izjemen uspeh iskrene čestitke!

iGEM 2007

Iz Bostona, ZDA, sem prejel zelo razveseljivo novico. Slovenska ekipa iGEM 2007 se je letos kljub še ostrejši konkurenci prebila v finale tekmovanja iz sintezne biologije. V felikem finalu so, zraven slovenske, tudi ekipe študentov iz Pariza, Berkley-a, Pekinga, UCSF in USTC.

O odhodu Slovenske ekipe v Boston je pisal že prof. Nekrep na MIKROBioLOG-u in brezplačni tednik Dobro Jutro. Upam, da bo uspeh naših študentov medijsko bolj podprt in da se lanska zgodba ne bo ponovila.

Si lahko nadejamo še ene zmage?

Nocoj gre zares in držite pesti!

Marina Dermastia: Pogled v rastline

Nacionalni inštitut za biologijo vabi na predstavitev knjige Pogled v rastline avtorice Marine Dermastia, ki bo v četrtek, 18.10.2007 ob 14.15 v Biološkem središču (Oddelek za biologijo, Večna pot 111, Ljubljana).

Knjigo bosta predstavila prof.dr. Tone Wraber in prof.dr. Marina Dermastia, za glasbo bo pa poskrbel kitarist Jerko Novak.

Vljudno vabljeni!

Predavanje prof. dr. Steve Busby-a

Spodnje vabilo je s strani Društva študentov mikrobiologije (avtorica: doc. dr. Marjanca Starčič Erjavec):

Spoštovan kolegice in kolegi,

Vljudno vas vabimo na predavanji prof. dr. Steve Busby-a iz School of Biosciences, University of Birmingham, UK na temo transkripcijskega uravnavanja pri bakteriji Escherichia coli. Predavanji bosta v ponedeljek 8. (13h) ter v torek 9. oktobra (10h) v predavalnici B5 Biološkega središča (povzetek predavanj je spodaj).

Predavatelj je svetovno priznan na področju uravnavanja izražanja genov pri bakterijah. Vljudno vabljeni!

Ponedeljek, 8. 10., ob 13h, pred. B5

Regulation at simple and complex bacterial promoters

Steve Busby (School of Biosciences, University of Birmingham, UK)

The expression of nearly all bacterial genes is principally regulated at the level of the initiation of transcription. It is now appreciated that most promoters are directly regulated by several transcription factors. I will present recent work that elucidates some of the mechanisms by which the contributions of different factors are integrated at complex promoters. In some cases, nucleoid-associated proteins play an essential role in this integration and I will describe recent studies of their distribution across bacterial genomes.

Torek, 9. 10. 2007, ob 10h, pred B5

Transcriptional regulation in Escherichia coli - the big picture

Steve Busby (School of Biosciences, University of Birmingham, UK)

The last decade has seen a renaissance in the study of transcriptional regulation in Escherichia coli due mainly to the arrival of whole genome sequences and detailed structural information about the multi-subunit RNA polymerase. I will review our current understanding concerning the contributions of promoter elements, sigma factors, transcription factors and effectors. Until recently, our knowledge was based on case-by-case studies of favourite regulatory regions. However, the application of genomic methodologies, such as transcriptomics, ChIP-on-chip and bioinformatics, has revealed new insights and unexpected complications. Some recent results that address the distribution of RNA polymerase and the roles of different global transcription factors in Escherichia coli will be presented.

Mumije v domači lekarni

Rokova novica o dinozavrovi juhi me je spomnila na morda še bolj bizarno in malo znano zgodovinsko dejstvo.
Za razliko od Kitajcev so v naših (po mnenju mnogih menda bolj naprednih krajih) v srednjem veku kot vsestransko zdravilo namesto kosti dinozavrov prodajali v prah zmlete Egipčanske mumije. To naj bi se dogajalo še dve stoletji nazaj.
Umetniki pa so dolga stoletja uporabljali rjavo barvo imenovano caput mortum, pripravljeno iz povojev, v katere so bile zavite mumije. Uporaba barve naj bi naglo upadla, ko so slikarji končno izvedeli, iz česa je narejena.

Pivo in fizikalni zakoni

Tudi iz na pivu je mogoče narediti resno znanstveno raziskavo. Fizik John Page je ugotovil, da pena na gladini piva izginja po klasičnem zakonu eksponentnega razpadanja. Konstanta tega razpadanja je za določeno pivo stalna in jo je mogoče uporabiti za razlikovanje različnih vrst piva.
Izsledke raziskave je Page objavil v European Journal of Physics v članku Demonstration of the exponential decay law using beer froth.
In za objavo leta 2002 prejel Ig Nobelovo nagrado za fiziko.
Če ste potrebovali poletno fizikalni izgovor za prijetno sedenje v senci, lahko na podlagi teh podatkov znanstveno dokažete bistveno razliko med Laškim in Unionom. Oziroma Unionom in Laškim :)
Znanstvena zgodba Johna Pagea se nadaljuje tukaj.

Koliko je vredno vaše truplo?

Ste se že kdaj spraševali, koliko bi vaši nasledniki dobili, če bi vaše truplo prodali v raziskovalne ali pa zdravstve namene? Nič lažjega. Odgovorite na 20 vprašanj na TEJ spletni strani in odgovor se bo pojavil na zaslonu v manj kot minuti.

Moje truplo je presenetljivo poceni - pičlih $4425 (= 3205,82 €), s čimer bi si moji potomci lahko privoščili zgolj en kvadratni meter povprečnega stanovanja v Ljubljani.

Avdio Walk - Avdio Sprehod

Pred nekaj dnevi je luč sveta ugledal brezplačni osebni avdio vodnik po manj znanih kotičkih slovenske prestolnice, ki je dostopen na spletu v formatu mp3. Turisti bodo lahko spoznali in doživeli (zaenkrat le) Ljubljano skozi perspektivo in zgodbe domačinov s pomočjo avdio vodnika, ki si ga bodo zlahka naložili na mp3 predvajalnik.

Idejni vodja tega projekta je študent Miha Knavs, realizacijo pa je omogočila Ambasada ustvarjalne družbe TiPovej.

Avdio sprehod se mi zdi dobrodošla novost v slovenskem "medijskem" prostoru.

Dinozavrova juha

Prebivalci kitajske province Henan so v zadnjih dveh desetletjih izkopavali kosti dinozavrov misleč, da so to kosti zmajev in da imajo zdravilno moč. Kosti so skupaj z drugimi sestavinami kuhali in s to župco hranili otroke v primeru vrtoglavice ali pa krčev v nogah. Iz zmletih kosi so pripravljali tudi pasto in jo nanašali neposredno na zlome in druge poškodbe.

Do lanskega leta je bilo v omenjeni provinci mogoče kupiti kosti za pičlih 37 centov za kilogram. Ko pa so podeželski prebivalci province Henan izvedeli, da gre v bistvu za kosti dinozavrov, so darovali 200 kg kosti v znanstvene namene. Upam, da bo paleontologom juhica teknila.

Atlas kokošjih možganov

Avstralski raziskovalci so izdali Atlas kokošjih možganov, ki naj bi znanstvenikom pomagal pri boljšem razumevanju človeških možganov.

Profesorja George Paxinos iz University of New South Wales in Charles Watson iz Curtin University of Technology sta pri pripravi atlasa kombinirala mednarodne objave raziskav na možganih z anatomskimi študijami in tako opredelila 100 novih regij. Profesorja se torej nista posluževala dragih metod, kot je MRI, marveč sta uporabljala rezine možgnov, fotografije, svinčnike trdote 2B in transparentni papir.

Ker so si možgani sesalcev in ptičev zelo podobni, bo nov atlas zelo priročen pri preučevanju npr. dihalnih motenj in morda celo avtizma. Žal pa ne bo pojasnil strukture možganov fenomena na posnetku.

Madagaskar 2007

Jutri zjutraj bo z Brniškega letališča (oz. z Letališča Jožeta Pučnika) poletel prvi del slovenske humanitarno-medicinske odprave v Matango na jugu Madagaskarja. Slovenski študentje zaključnih letnikov bodo domačinom med 16.6. in 25.8. 2007 na preprost in nevsiljiv način predstavili osnove higiene, zdrave prehrane, zdrave spolnosti, preprečevanja prenosljivih bolezni ... in jim nudili brezplačno zdravstvniško pomoč.

V času odprave bodo bivali pri slovenskem misionarju Izidorju Grošlju. Več informacij o odpravi dobite TUKAJ, če pa želite odpravo podpreti tudi finančno, ne spreglejte TEGA.

Prvi del odprave sestavljajo študent medicine Luka Prodnik, študentka stomatologije Mateja Simončič in študentka mikrobiologije Špela Žula. Naj omenim, da je Špela prva mikrobiologinja, ki bo sodelovala na tovrstni odpravi.

Scientoskopova urednika vam želiva srečno pot in uspešno na Madagaskarju!

Spartan DXTM

Spartan Bioscience Inc. je dalo na tržišče prvi osebni rt-PCR DNA analizator imenovan Spartan DX^TM, ki v pol ure ali manj analizira štiri vzorce hkrati. Spartan DX^TM stane $14 995 (11 232,21 €) in ga že lahko naročite pri proizvajalcu. Navodila za uporabo najdete TUKAJ.

Vaginalno tkivo vzgojeno v laboratoriju

Verjetno ste že slišali o vzgoji različnih tkiv in organov v pogojih in vitro. Italjanska profesorica Cinzia Marchese iz rimske univerze La Sapienza pa je v laboratoriju uspela vzgojiti vaginalno tkivo in ga uspešno presaditi dvema ženskama s kongenitalno deformacijo imenovano sindrom Mayer-von Rokitansky-Küster-Hauser.

Sindrom Mayer-von Rokitansky-Küster-Hauser prizadene eno med 4000-5000 deklicami. Deklice s tem sindromom se rodijo brez vagine, imajo pa lahko normalno razvito maternico, jajčnike in druge zunanje sekundarne spolne organe, kot so npr. prsi, in zaradi odsotnosti vagine ne morejo imeti spolnih odnosov in roditi.

Kirurgi so do sedaj opravljali rekonstrukcijo vagine s presaditvijo kožnega tkiva ali črevesne sluznice, vendar je poseg invaziven, dolgotrajen in boleč in da se razvije normalno mukozno tkivo, je potrebno veliko časa.

Metodo, ki jo je izboljšala prof. Marchese, so izvedli na 28 in 17 letnici z omenjenim sindromom, in sicer so jima z biopsijo odvzeli 0,5 cm tkiva iz mesta, kjer naj bi se nahajala vagina, ta košček tkiva encimatsko obdelali in omogočili, da se zarodne celice diferencirajo v mukozno tkivo in po 15 dneh je bilo tkiva dovolj za presaditev v pacientko.

Ta poseg je obema pacientkama omogočil, da lahko živita normalno (spolno) življenje.

Jutri se Univerzitetnem medicinskem centru v Groningenu na Nizozemskem prične Mednarodni simpozij študentov medicinskih ved, ki bo trajal do 9. junija 2007. Na simpoziju bosta svoje raziskovalno delo predstavili tudi slovenski študentki, in sicer študentka mikrobiologije Katarina Maher in študentka biokemije Vesna Todorovič.
Želimo vama uspešno predstavitev!

Tuberkuloza napada

Tuberkuloza ni bolezen preteklosti.
Od pojava sevov bakterije, odpornih na antibiotike postaja okužba z Mycobacterium tuberculosis vse bolj zaskrbljujoča, zdravljenje pa dolgotrajno in težavno.
Okužba sicer ni zlahka prenosljiva, bolnik naj bi bakterijo v povprečju prenesel le na 10 do 15 ljudi na leto, ker pa je okužba lahko neopazna in se lahko vleče leta, večina držav pa nima zakonov, s katerimi bi lahko bolnike, ki odklonijo zdravljenje, izolirala v prisilno karanteno, število obolelih drastično narašča.
Prav te dni se Svetovna zdravstvena organizacija (WHO) in ameriški Center za nadzor bolezni (CDC) ukvarjata s primerom letalskega potnika na letu iz ZDA v Evropo, okuženega z na zdravila močno odpornim sevom povzročitelja tuberkuloze (XDR-TB).
Sicer pa poročilo WHO o številu obolelih za leto 2005 pravi tole:

	Incidencea				Prevalencea
	All forms		Smear-positiveb
WHO region	number (thousands)	per 100 000 pop	number (thousands)	per 100 000 pop	number (thousands)	per 100 000 pop
	(% of global total)
Africa	2 529 (29)	343	1 088	147	3 773	511
The Americas	352 (4)	39	157	18	448	50
Eastern Mediterranean	565 (6)	104	253	za leto 47	881	163
Europe	445 (5)	50	199	23	525	60
South-East Asia	2 993 (34)	181	1 339	81	4 809	290
Western Pacific	1 927 (22)	110	866	49	3 616	206
Global	8 811 (100)	136	3 902	60	14 052	217

Life with science

Študentsko društvo za promocijo biotehniških ved organizira Mednarodno konferenco študentov biotehniških ved pod geslom Life with science, ki bo potekala med 7. in 11. novembrom 2007 na Biotehniški fakulteti Univerze v Ljubljani.

Konferenca bo obsegala sledeče sklope:

Zeleni sklop
Ekologija, biodiverziteta, krajinska arhitektura, okoljsko planiranje, gozdarstvo, varstvo okolja in naravne dediščine, paleontologija, biogeografija, obnovljivi viri, pedologija, klimatologija, razvoj podeželja

Modri sklop
Biokemija, biomedicina, mikrobiologija, biotehnologija, genetika, biofizika, sistemska biologija, imunologija

Oranžni sklop
Evolucija, sistematika, etologija, embriologija, morfologija, antropologija, fiziologija, primerjalna anatomija, nevrobiologija, botanika, zoologija

Rdeči sklop
Hortikultura, agronomija, zootehnika, prehrana, živilska tehnologija, tehnologija lesa, bioekonomika, agrarna tehnologija

Vse informacije v zvezi s samo konferenco dobite TUKAJ, v zvezi s prijavo pa TUKAJ.

Zdravljenje kroničnih ran

Cene me je opomnil, da sem v prispevku Tri rešitve za diabetike pozabil omeniti, da se z zdravljenjem kroničnih ran z ličinkami muhe blestivke (Lucilia sericata) ukvarjajo tudi na Katedri za biologijo mikroorganizmov Biotehniške fakultete Univerze v Ljubljani.
Vse informacije, vključno s cenikom, dobite TUKAJ.

Vojna za kite

Na srečanju Mednarodne komisije za kitolov (IWC) Japonska nadaljuje s svojo umazano igro. Že leta poskušajo ukiniti ali obiti moratorij na lovljenje največjih sesalcev, sprejet leta 1986. Njihovo stališče, da bi morala Komisija predvsem nadzirati in voditi kitolov, namesto da ga prepoveduje, dobiva vse več podpore. A kljub temu se vsaj letos menda še ni treba bati, da bi se približali 3/4 od 75 glasov, ki jih potrebujejo za ukinitev moratorija.
Od lanskega poskusa prevrata v Komisiji je namreč potekala mrzlična politična bitka za pridobivanje zaveznikov na obeh straneh in tabor, ki odločno nasprotuje kitolovu, je dobil nekaj novih članov. Pred le nekaj dnevi se jim je pridružila tudi Grčija.
Debata postaja vse ostrejša. Tabor za zaščito kitov Japonski očita, da pridobiva glasove s podkupovanjem držav članic Komisije in njihovih predstavnikov, Japonska Komisiji pripisuje spolitiziranost in irelevantnost in je februarja pripravila alternativno konferenco o kitolovu, ki pa so jo države nasprotnice bojkotirale.
Kljub temu Japonska pobije okrog 1000 kitov na leto pod sramotno pretvezo znanstvenih raziskav. Meso pobitih kitov seveda prodajo za hrano.
In medtem ko Japonci grozijo z izstopom iz Komisije, so avstralski laburisti spisali predlog, po katerem bodo (če letos zmagajo na volitvah) na Antarktiko poslali svoje vojno ladjevje, ki naj bi nadziralo in zbiralo dokaze proti japonski ribiški floti v območju izven avstralskih voda, ki ga je Avstralija razglasila za svoje (čeprav druge države tega niso nikoli priznale) in na katerem je tudi varno območje za kite.
Še dobro da v komisiji ni Slovenije. Zagotovo bi se naš zunanji minister na Japonske zahteve odzval s "konstruktivnim" razumevanjem, okoljski in kmetijski pa bi jih z vsem srcem podprla, če bi le v zameno s kakšno od manjših ladjic pripluli tudi v naše vode in pobili čim več medvedov.

Tri rešitve za diabetike

Kalifornijsko podjetje Oculus Innovative Sciences je razvilo izdelek Microcyn, ki naj bi pobil bakterije, viruse in spore gliv, hkrati pa je nenevaren za živali (tudi za ljudi) in rastline. Gre za superoksigenirano vodo, ki predstavlja za omenjene organizme osmotski šok in povzroči sprostitev citoplazme.

Microcyn(R) ni nov produkt, saj nekaj podobnega uporabljajo za dekontaminacijo delov jedrskih reaktorjev. Oculus je samo razvil tehnologijo, ki omogoča daljšo življenjsko dobo in s tem odpira nove možnosti za uporabo. Microcyn daje ugodne rezultate predvsem pri nekrotičnih razjedah bolnikov z diabetesom, saj se le-te hitreje celijo. Več informacij dobite TUKAJ in TUKAJ, informacijo pa so objavili tudi na strani 24ur.com.

Tega produkta zaenkrat še ni mogoče dobiti v Sloveniji; zelo uspešna metoda, ki pa je na voljo pri nas in je marsikaterega diabetika že rešila amputacije uda, je uporaba ličink določenih vrst muh, ki se prehranjujejo izključno z odmrlim tkivom in pospešujejo celjenje kroničnih ulceracij. Uporaba ličink je zelo uspešna tudi pri infekciji ulceracije z MRSA.

In ko sem že pri uporabi živali pri zdravljenju ulceracij naj omenim tudi metodo, ki se uporablja pri zdravljenju avtoimunskih bolezni, kot so Chronova bolezen in ulcerativni kolitis. Podjetje Ovamed GmbH omogoča zdravljenje omenjenih bolezni s s prašičjo glisto Trichuris suis. Na svoji spletni strani izčrpno predstavljajo vse kar se tiče zdravljenja Chronove in podobnih bolezni. Stran vsekakor vredna ogleda!

Chicken Chicken Chicken Chicken

Dr. Doug Zongker je v Annals of Improbable Research (vol. 12, no. 5) jeseni 2006 objavil študijo Chicken Chicken Chicken Chicken (the academic study).
Članek, ki je prosto dostopen, si je vsekakor vredno ogledati.
Pred nedavnim je izsledke raziskave strnil v petminutno predavanje na letnem srečanju AAAS. Če imate torej pet minut časa: